BIOSCAMP Analyse des variations génétiques de Campylobacter jejuni en lien avec sa survie au procédé de transformation de la filière volaille

Contexte :

Campylobacter demeure la première cause d’entérite bactérienne dans le monde, et la première cause de zoonose en Union Européenne depuis plus de 15 ans. Plusieurs tentatives de mise en oeuvre de moyens de maîtrise ont été évalués afin de réduire le risque de campylobactériose, parmi lesquelles le challenge de l’identification de biomarqueurs de stress pour prédire le comportement du pathogène aux stress vécus pendant le procédé de transformation de la denrée alimentaire. L’objectif de cette thèse s’inscrit dans la continuité des travaux de recherche réalisés par l’UMR SECALIM sur Campylobacter et sa réponse au stress & la recherche de biomarqueurs. 

Objectifs :

Cette thèse vise à identifier des biomarqueurs génomiques associés à la réponse de Campylobacter à différents stress rencontrés dans les environnements de production afin de prédire le comportement de la bactérie. Pour ce faire l’approche GWAS, Genome-Wide Association Studies, est retenue. Elle consistera en la caractérisation de la réponse phénotypique de plusieurs souches de Campylobacter jejuni d’origine diverse (isolées de l’environnement d’abattoir, de carcasses de poulets et clinique) à des stress pertinents au regard du process, puis d’identifier les variants génétiques associés à ces traits. Dans un deuxième temps, nous compléterons cette analyse en explorant la modélisation métabolique de C. jejuni par une étude in silico. 

Date de démarrage : Novembre 2024

Durée : 3 ans

Partenaires : laboratoire européen de référence sur Campylobacter au National Veterinary Institute de Suède, le laboratoire des sciences du numérique de Nantes Université (UMR CNRS/IMT LS2N), L'UMR MaiAGE

Coordination : Nabila Haddad, Professeur à SECALIM

Financement : Bourse de thèse INRAE MICA - Région Pays de la Loire