Thèse de Morgane Nennig (2018-2022)

Campylobacter est la principale cause de gastro-entérite bactérienne mondiale. L'espèce la plus répandue, C. jejuni, est un pathogène microaérobie, capnophile et thermotolérant. De par ses exigences de croissance, la capacité de C. jejuni à persister au sein des chaines de production alimentaire a longtemps intrigué les scientifiques. Cette étude visait à comparer différents profils génétiques de C. jejuni isolés au Luxembourg à partir du core genome (cg) et du génome entier (wg) afin de clarifier la structure génétique de sa population. En utilisant des tests phénotypiques en conditions contrôlées et des analyses de génomique fonctionnelle à partir de données wgMLST, le lien entre les traits phénotypiques et la persistance des génotypes a été exploré. Le regroupement des souches en lignées génomiques est concordant avec des profils de type épidémique et endémique, indépendamment des schémas de typage cgMLST utilisés. La grande stabilité du génome au sein de ces lignées soutient l'hypothèse d'une expansion clonale de type monomorphique au fil du temps et de différentes sources. Les phénotypes sont corrélés aux complexes clonaux généralistes ou spécifiques de l'hôte pour les réponses au stress oxydant, à l'adhésion aux surfaces abiotiques, à la formation de biofilms et à l'habituation aux conditions aérobies. Ces données ont permis d’établir des métaphénotypes spécifiques de ces lignées génomiques. L’analyse de génomique fonctionnelle a révélé des facteurs pouvant contribuer à la survie spatiotemporelle des souches récurrentes. Ces résultats suggèrent une sélection de souches de C. jejuni mieux adaptées aux stress environnementaux le long des voies de transmission à l'Homme.