MININSECT Evaluer et quantifier la contamination de la matrice insecte par une approche de métagénomique via la technologie de séquençage MinION [PULSAR]

Contexte :

Les avancées attendues dans l'utilisation de la métagénomique promettent une révolution significative dans notre compréhension de la diversité du microbiome associée à la matrice alimentaire des insectes. Au cours de ce projet, le développement d’outils de caractérisation descriptive et fonctionnelle des écosystèmes microbiens (technologie de séquençage MinION et traitements bio-informatiques associés) vise à évaluer le microbiome d’une nouvelle matrice alimentaire étudiée dans l’unité en termes de sécurité des aliments. Ainsi ce projet permettra d'identifier et de quantifier de manière précise la contamination par des bactéries pathogènes et altérantes lors des étapes clés de la transformation des insectes, renforçant la sécurité et la qualité des produits.
De plus, cette approche n'identifie pas seulement les micro-organismes déjà connus, mais révéle également des espèces nouvelles et/ou peu étudiées qui pourraient jouer un rôle majeur dans sur la santé des consommateurs. En effet, les contrôles officiels ou les auto-contrôles microbiologiques sont effectués à l'aide de méthodes certes standardisées, mais pas nécessairement adaptées à cette nouvelle matrice constituée d'animaux entiers (avec leur tractus digestif). Les souches bactériennes présentes dans cette matrice peuvent également différer de celles identifiées dans les denrées alimentaires conventionnelles. 

Objectifs :

Ainsi, la caractérisation et la comparaison génomique de souches isolées de cette matrice peuvent aider à  optimiser le développement de méthodes analytiques normalisées en fournissant une meilleure compréhension du comportement bactérien associé à la matrice insecte, notamment sa persistance, sa capacité à sporuler, la production de toxines et la réponse au stress environnemental.
Ces travaux éclaireront les pouvoirs publics pour assurer la sécurité sanitaire de ces nouveaux aliments et servira d’appui scientifique aux filières industrielles liées au développement de l’entomophagie.

Date de démarrage : juin 2024

Durée : 2 ans

Coordination : Boris Misery, Enseignant-chercheur à SECALIM

Financement : Projet PULSAR Région Pays de la Loire