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Benjamin Duqué, a commencé sa thèse à SECALIM en Novembre 2016. Sa thèse s'inscrit dans le projet inter-régional BIOMICS : BIOmarkers of bacterial behaviour using OMic data and mathematICS. Ce projet est porté par le Pôle Agronomique Ouest et est financé par les régions Bretagne et Pays de la Loire. Il fait intervenir des industriels des filières volaille et laitière des deux régions.

L’originalité du projet BIOMICS réside dans le développement d’une méthodologie de recherche de gènes biomarqueurs afin d’évaluer la capacité des bactéries à survivre au stress encouru lors de la transformation des produits.
L’identification puis la quantification de ces biomarqueurs seront utilisées pour mieux prévoir le comportement bactérien et par conséquent mieux ajuster les DLC.
Ce projet porte sur les capacités adaptatives de trois pathogènes alimentaires :

•     Bacillus weihenstephanensis et Listeria monocytogenes dans la filière laitière, sont étudiés par l’Adria Quimper, le Lubem et les industriels de la filière laitière,  
•     Campylobacter jejuni dans la filière volaille, est étudié par l'UMR Secalim et deux industriels de la filière volaille.

Le sujet de thèse de Benjamin Duqué est le suivant :

Prévoir la contamination de Campylobacter jejuni des carcasses de poulet en considérant variabilité et histoire cellulaire