CAMPYSTRAIN : Faisabilité de la métagénomique shotgun pour l’étude de la variabilité de souches de Campylobacter sur la peau de poulet de chair sans phase d’isolement préalable [Projet MICA INRAE]

Campylobacter, une bactérie pathogène commensale du tractus digestif des volailles, demeure la principale cause de zoonose reportée dans l’Union Européenne (UE), devant les infections à salmonelles. Etudier et maîtriser la persistance de Campylobacter dans la chaîne de production alimentaire ainsi que sa capacité à résister de plus en plus aux antibiotiques représente un véritable enjeu scientifique et économique. Les méthodes actuelles qui permettent d’identifier cet agent pathogène nécessitent une étape d’isolement longue et fastidieuse. Elles nécessitent également de sélectionner les isolats à identifier avec le risque que la variabilité génotypique ne soit pas complètement couverte. L’objectif de ce projet est de tester l’applicabilité d’une approche par métagénomique shotgun pour l’identification et le typage de plusieurs souches de Campylobacter présentes sur des peaux de cou de poulet de chair, sans réaliser d’étape d’isolement préalable. Cette méthode pourra permettre d’apprécier l’effet de la pression de sélection sur la diversité des Campylobacters tout au long du procédé d’abattage-habillage, et d’identifier les déterminants génétiques associés à la persistance de ce pathogène en environnement industriel (abattoir).