La résistance aux antibiotiques, une investigation depuis l’élevage jusqu’à la denrée

L’acquisition croissante de résistances aux antibiotiques par les bactéries pose une nouvelle question, celle de la place de la denrée alimentaire comme une potentielle source de transmission de déterminants de l’antibiorésistance : résidus d’antibiotiques, gènes de résistance et bactéries résistantes. Ces déterminants sont liés à la flore bactérienne naturelle de la denrée dont la composition peut être impactée par son environnement de production.
La filière aquacole est un modèle intéressant car elle peut être considérée comme une interface entre l’environnement (effluents de station de traitement des eaux, cultures, élevages, eaux des rivières etc…) et le filet de poisson. Cependant, peu d’études ont permis de décrire la diversité des communautés bactériennes des filets de poissons frais, depuis l’environnement de la ferme jusqu’à l’environnement de l'usine.

Dans cette étude, le microbiote bactérien et son profil de résistance aux antibiotiques d’un panel de 56 filets ont été décrits à l’aide de méthodes d’extraction adaptées à cette matrice dont le niveau de flore naturelle est faible, et de méthodes de séquençage par amplicon du gène de l'ARNr 16S, par qPCR haut débit par la technologie Smartchip Realtime PCR, et par le dosage des résidus d'antibiotiques par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse. Les filets étaient issus de truites élevées dans deux fermes situées en amont et en aval d’une même rivière, levés en usine ou en conditions stériles de laboratoire. Le microbiote des filets (muscle et peau) est dominé par les genres bactériens Pseudomonas, Escherichia-Shigella, Chryseobacterium et Carnobacterium.

Des variations au sein du microbiote ont été observées pour les communautés bactériennes les moins abondantes en fonction de la localisation de la ferme ou des conditions de filetage. Sur les 73 résidus d'antibiotiques recherchés, seuls des résidus d'oxytétracycline ont été détectés dans 23% des filets, mais tous à une dose inférieure à la limite maximale autorisée dans l'Union européenne. Sur les 248 gènes de résistance recherchés, 17 étaient présents dans au moins 20% de la population de truites mais à des concentrations très faibles (résistance à la tétracycline, aux b-lactames, aux macrolides et à la vancomycine, etc.). A l’échelle de cette étude, les filets de poissons étudiés étaient pas ou peu porteurs d’éléments pouvant participer à l’antibioresistance (résidus, gènes et bactéries).

Partenaires : cette étude a été réalisée par les unités INRAE-Oniris SECALIM et BIOEPAR dans le cadre du projet FOOD RESISTOME, avec le soutien financier du RFI Food For Tomorrow (Région des Pays de la Loire).

Publication associée : Helsens, N., S. Calvez, H. Prévost, A. Bouju-Albert, A. Maillet, A. Rossero, D. Hurtaud-Pessel, M. Zagorec and C. Magras 2020. Antibiotic resistance genes and bacterial communities of farmed rainbow trout fillets (Oncorhynchus mykiss). Frontiers in Microbiology 11(3070). https://doi.org10.3389/fmicb.2020.590902.