Thèse de Charlotte Riou Delacourcelle (2024 - 2027)

Campylobacter demeure la première cause d’entérite bactérienne dans le monde, et la première cause de zoonose en Union Européenne depuis plus de 15 ans. Plusieurs tentatives de mise en oeuvre de moyens de maîtrise ont été évalués afin de réduire le risque de campylobactériose, parmi lesquelles le challenge de l’identification de biomarqueurs de stress pour prédire le comportement du pathogène aux stress vécus pendant le procédé de transformation de la denrée alimentaire. L’objectif de cette thèse s’inscrit dans la continuité des travaux de recherche réalisés par l’UMR SECALIM sur Campylobacter, sa réponse au stress & la recherche de biomarqueurs. Cette thèse vise à identifier des biomarqueurs génétiques associés à la réponse de Campylobacter à différents stress rencontrés dans les environnements de production afin de prédire le comportement de la bactérie. La caractérisation de la réponse phénotypique de plusieurs souches de Campylobacter jejuni d’origine diverse (isolées de l’environnement d’abattoir, de carcasses de poulets et clinique) à des stress pertinents au regard du process, puis l’identification des variants génétiques associés à ces traits, sera réalisée à l’aide d’une approche GWAS, Genome-Wide Association Studies. Dans un deuxième temps, nous compléterons cette analyse en explorant la modélisation métabolique de C. jejuni par une étude in silico. Ce travail s’effectuera en étroite collaboration avec (1) le laboratoire européen de référence sur Campylobacter au National Veterinary Institute de Suède, et (2) le laboratoire des sciences du numérique de Nantes Université (UMR CNRS/IMT LS2N).