Thèse d'Eliana Akoury (2024-2027)

L’offre de thèse s’inscrit dans le cadre du projet FluoPath financé par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) sur la période avril 2024-mars 2028. Ce projet réunit 7 partenaires dont 4 laboratoires de recherche académique (UMR PAM, UMR SECALIM, UMR SQPOV et LUBEM), 2 Instituts Techniques Agro-Industriels (AERIAL et ADRIA) et l’interprofession laitière (CNIEL).
Le projet FluoPath a pour vocation première de déterminer de nouveaux biomarqueurs (promoteurs induisant l'expression de gènes d'intérêt) couplés à un biosenseur fluorescent permettant d'acquérir de nouvelles connaissances sur l'état physiologique de deux pathogènes (Listeria monocytogenes et Bacillus cereus) en milieux laitiers (lait, fromage modèle dilué et si possible fromage modèle solide) en lien avec l'impact de perturbations technologiques. In fine, ces connaissances combinées aux connaissances présentes dans la littérature scientifique seront utilisées pour améliorer les modèles de prévision du risque microbiologique dans les produits laitiers.
La thèse portera sur le pathogène L. monocytogenes et sera réalisée au sein des laboratoires académiques UMR PAM (Dijon) et UMR SECALIM (Nantes) selon un calendrier qui n’engagera pas l’étudiant·e à se déplacer régulièrement entre les 2 villes du fait de leur éloignement géographique (les frais de déplacements seront à la charge des laboratoires d’accueil). La thèse, d’une durée de 3 ans, débutera en octobre 2024 et se terminera en septembre 2027.
La thèse sera articulée autour de 4 axes
Axe 1 : Sélection de deux souches parmi six de L. monocytogenes et de deux conditions de stress pertinentes
L’objectif principal de cet axe sera d’évaluer la résistance des six souches de L. monocytogenes vis-à-vis de deux conditions de stress rencontrées dans les chaînes d’opérations unitaires de la filière laitière. L’analyse statistique de ces phénotypes d’intérêt permettra de sélectionner parmi ces six souches, deux souches qui présenteront des niveaux de résistance différents. Ces souches seront utilisées pour l’ensemble de la thèse.
Axe 2 : Identification d’ARNm spécifiques de chaque phénotype d’intérêt
L’objectif de cet axe est d’identifier des gènes de virulence ou de stress sur-exprimés lors de l’application des deux conditions de stress chez les deux souches sélectionnées au titre de l’Axe 1. Le taux d’expression des gènes d’intérêt, identifiés par une étude bibliographique, sera mesuré par RT-qPCR. De manière à générer de nouvelles connaissances fondamentales, une analyse transcriptomique sans a priori sera conduite par RNAseq associée à une analyse bio-informatique (ontologie, identification des séquences promotrices spécifiquement impliquées dans chacun des phénotypes …).
Axe 3 : Élaboration d’une banque de mutants fluorescents par fusion transcriptionnelle (chromosomique)
Les gènes d’intérêt identifiés au titre de l’Axe 2 seront ’autant de candidats considérés pour construire une banque de mutants à partir des deux souches précédemment retenues (Axe 1). Ces mutants fluorescents du fait de l’insertion du gène codant pour une protéine fluorescente (GFP, RFP, CFP ou YFP), auront vocation à être utilisés en vue de générer de nouvelles connaissances en lien avec l’impact de conditions de stress sur la résistance et la virulence de L. monocytogenes.
Axe 4 : Quantification de la fluorescence des mutants dans différentes conditions de stress
Dans cet axe, il s’agira d’évaluer la fluorescence émise par les mutants placés dans les conditions de stress préalablement établies. Il s’agira en particulier d’optimiser les conditions expérimentales pour s’affranchir d’éventuels artefacts tels que l’autofluorescence de la matrice laitière.