Thèse de Sophie Hautefeuille (2022-2025)

Depuis plusieurs années, Campylobacter demeure la première cause de zoonose transmise par voie alimentaire en Europe. La volaille constitue le principal facteur de risque de campylobactériose. La maîtrise des contaminations des viandes de volailles par Campylobacter est un enjeu de santé publique majeur. Outre les enjeux de santé publique, les enjeux économiques sont également importants, du fait notamment de l’instauration récente d'un critère d'hygiène des procédés à l’échelle européenne ayant un impact sur l’importation et l’exportation de produits de volaille. Campylobacter ne se multiplie pas dans la chaîne de production alimentaire mais il survit relativement bien. Les conditions rencontrées le long de la chaîne alimentaire influencent la composition du microbiote des aliments et des environnements alimentaires et constituent des stress (froid, chaud, oxygène) auxquels Campylobacter doit s’adapter. Jusqu’à présent le comportement de Campylobacter a évalué et étudié en culture mono-espèce (inactivation thermique, survie au froid, à la présence d’oxygène) sans considérer les possibles interactions au sein du microbiote de la denrée alimentaire. Or, ce pathogène coexiste sur la viande de volaille avec d’autres communautés microbiennes, à l’origine d’interactions de type antagonisme (e.g., compétition) ou encore de mutualisme (e.g., coopération). Jusqu’à présent, l'évaluation des risques microbiens prédit le comportement des pathogènes généralement sans tenir compte du microbiote de l’aliment, or sa composition dépend des conditions rencontrées le long de la chaîne alimentaire et influence la survie des pathogènes jusqu'à l'assiette du consommateur.
Dans ce projet de thèse, nous nous proposons de répondre à la question scientifique suivante : la présence ou l’absence de Campylobacter sur carcasse de poulet est-elle corrélée à la présence de certaines espèces bactériennes endogènes de la viande ? Si oui, cette corrélation s’explique-t-elle par des interactions bactériennes ?

Valorisation

Hautefeuille, S., R. Tareb, A. Bouju-Albert, B. Misery, B. Laroche, S. Guillou and N. Haddad 2024. Extensive multivariate dataset characterizing bacterial community diversity and Campylobacter contamination level in a large number of conventional broilers carcasses after air chilling and refrigerated storage. Data in Brief 56: 110858. https://doi.org/10.1016/j.dib.2024.110858.