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Le projet ANR Jeune Chercheur Jeune Chercheuse ESCAPE (Characterization of the interaction between the microbiota of broiler meat and the foodborne pathogen Campylobacter: towards improving meat safety) porté par Nabila Haddad, de l’UMR SECALIM,  a démarré début janvier 2022. Ce projet implique plusieurs chercheurs et enseignants-chercheurs de l’UMR Secalim, le recrutement d’une doctorante, ainsi qu’une collaboration avec l’UMR INRAE MaIAGE.

ESCAPE s’inscrit dans une démarche innovante d’amélioration de la sécurité sanitaire des aliments en considérant l’influence du microbiote de l’aliment sur le risque microbien associé à la présence de bactéries pathogènes alimentaires. Le projet a pour cas d’étude la viande de poulet de chair dont le principal risque microbien est la bactérie Campylobacter. ESCAPE a pour objectif d’évaluer quantitativement l’effet du mode d’élevage (standard versus plein air) et du stockage réfrigéré sur la composition du microbiote des carcasses de poulet de chair et le niveau de contamination en Campylobacter. Le projet vise à déterminer s’il existe des corrélations positives ou négatives entre certaines communautés bactériennes et Campylobacter voire des interactions, qui pourraient favoriser ou défavoriser la persistance de Campylobacter sur la viande de volaille.

Depuis plusieurs années, Campylobacter demeure la première cause de zoonose transmise par voie alimentaire en Europe. La volaille constitue le principal facteur de risque de campylobactériose. La maîtrise des contaminations des viandes de volailles par ce pathogène représente un enjeu de santé publique majeur. Les moyens de lutte contre Campylobacter portent soit sur l’élevage en visant à réduire le portage de Campylobacter par les volailles, soit sur l’abattoir en cherchant à mieux maîtriser les étapes à l’origine des contaminations. Une autre façon de réduire le risque associé à Campylobacter consiste à identifier des facteurs qui influencent son comportement face aux conditions dites de stress, notamment ceux qui défavorisent sa survie au cours de la transformation des aliments, afin d'identifier des mesures de contrôle. Jusqu’à présent, les études ont porté sur les réponses de Campylobacter aux stress abiotiques (oxygène, température, etc.) rencontrés le long de la chaîne alimentaire et aucune étude n'a encore considéré le comportement de cet agent pathogène en interaction avec son environnement biotique, alors que de telles conditions se produisent tout au long de la chaîne alimentaire (de la ferme à la fourchette). Les carcasses de poulets de chair sont les produits de volaille aux plus fortes prévalences et concentrations en Campylobacter et font également l’objet d’un nouveau critère d’hygiène relatif à Campylobacter depuis 2018. Partant du principe que les poulets élevés en plein air sont davantage exposés aux agents pathogènes que les poulets élevés de manière conventionnelle en claustration, en raison d'un éventuel contact non maîtrisé avec les oiseaux sauvages et l'environnement, nous avons considéré que les méthodes d'élevage étaient susceptibles d'affecter le microbiote et le niveau de contamination des carcasses par Campylobacter. Le projet ESCAPE permettra d’obtenir une description des communautés bactériennes présentes sur la viande de poulet de chair en fonction du mode d’élevage et la mise en évidence d’éventuelles corrélations ou même d’interactions vis-à-vis de Campylobacter. L’enjeu de ce projet réside dans la possibilité d’améliorer les modèles d’appréciation des risques associés à Campylobacter en intégrant l'impact des facteurs biotiques sur la survie, peu ou pas pris en compte dans les modèles d’exposition actuels.

Dans le cadre de la thèse qui a démarré en février sur le projet, des campagnes de prélèvement de carcasses de volailles directement en abattoir ont commencé. Dix lots de carcasse seront collectés.  Un séquençage d’amplicons de l’ADNr 16S associé à la présence des communautés bactériennes sur les rinças de carcasses sera effectué ainsi qu’une quantification de Campylobacter par méthode culturale.

Les données de séquençage vont être analysées conjointement avec les données quantitatives ou semi-quantitatives de concentrations en Campylobacter afin de réaliser une analyse de réseaux de co-occurrence en collaboration avec l’UMR MaIAGE.